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中医认为尖锐湿疣发生的主要病因病机是由于房事不洁或间接触污秽之物品，湿热淫毒从外侵入外阴皮肤粘膜，导致肝经郁热，气血不和，湿热毒邪搏结而成臊疣。由于湿毒为阴邪，其性粘滞，缠绵难去，容易耗伤正气。正虚邪恋，以致尖锐湿疣容易复发，难以根治。 （一）房事不洁 男女婚外性生活或性滥交或多个性伴侣是导致尖锐湿疣发生的主要原因。由于不洁的性生活容易从外感受湿热淫毒之邪。病邪由外阴皮肤粘膜侵入机体，引起肝经下焦湿热郁阻，气血不和。湿热毒邪搏结聚于外阴皮肤腠理而成臊疣。（二）间接接触污秽之物品 尖锐湿疣亦可由于外阴皮肤粘膜接触了有病邪的污秽之物品而感染。例如有病邪的浴巾、浴缸、内衣裤、医疗用品等。（三）正虚邪恋 由于湿毒之邪为阴邪，其性粘滞，侵入机体后缠绵难去，且易耗伤正气，以致正虚邪恋，外阴皮肤粘膜的尖锐湿疣容易复发，难以根除。
二、西医:
西医研究已知尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒（HPV）所致。HPV是一种裸露型的DNA病毒，目前已知它的分子生物学分型有70多种，其中HPV6、HPV11、HPV16、HPV18与人类外阴生殖器尖锐湿疣关系最为密切。人类是HPV的惟一宿主，临床主要通过直接接触传染，亦有小部分通过间接接触而感染。尖锐湿疣的发病、发展和复发与细胞免疫功能低下有很大关系。由于HPV亚临床感染和潜伏感染以及细胞免疫功能低下的原因，致使尖锐湿疣治疗后极易复发。
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